Kemampuan lembaga penelitian dan pengembangan Universitas Muhammadiyah Prof DR HAMKA dalam mengelola lembaga penelitian telah banyak diketahui oleh berbagai pihak baik dari muhammadiyah ataupun lembaga diluar muhammadiyah. Pada hari ini, Lembaga Penelitian dan Pengembangan Universitas Muhammadiyah Prof DR HAMKA mendapatkan kesempatan untuk melakukan kolaborasi dengan Lembaga Pondok Pesantren Pimpinan Pusat Muhammadiyah terkait dengan berbagai bidang khususnya bidang pengembangan kelembagaan pesantren.